Tout commence par un appel à l'aide d'une jeune fille qu'elle envoie au légendaire Magic Knight. Elle les supplie de sauver son monde .

Parallèlement, à Tokyo en 1993, la vie de trois adolescentes va être bouleversé par cet appel au secourt. Ces trois jeunes filles qui sont d'écoles différentes, se trouvent dans un même lieu, la Tour de Tokyo pour un voyage scolaire. D'un seul coup, elles se retrouvent toutes les trois entourées par une lumières et projetées dans un monde inconnu, ou elles arrivent durant leur chute elles aperçoivent un volcan, une montagne et une mer. Avant de s'écraser un drôle de poisson volant les rattrapes et les déposent à même le sol.

Là elle se présentent, elles s'appellent Hikaru, Fuu et Umi. A ce moment un drôle de bonhomme les interpelle et leur annonce qu'elles sont les Magic Knight Légendaire elles qu'elles ont pour mission de Sauver la Princesse Émeraude et le monde de Céphiro. Ainsi commence leur épopée